Door intensieve samenwerking tussen Hartwig Medical Foundation (Hartwig) en de nationale pathologie-infrastructuur en database (Palga) is het sinds begin dit jaar mogelijk om de rapportage van whole-genome sequencing-resultaten in te lezen in het Palga-protocol ‘Moleculaire bepalingen’. Prof. dr. Stefan Willems, hoofd afdeling Pathologie van het UMC Groningen en voorzitter van het Palga-bestuur, en dr. ir. Paul Roepman, klinisch moleculair bioloog in de pathologie bij Hartwig en Antoni van Leeuwenhoek, Amsterdam, vertellen over deze nieuwe optie en de samenwerking tussen Palga en Hartwig.
Binnen de moleculaire diagnostiek bij kanker is er al enige tijd een verschuiving zichtbaar van relatief eenvoudige moleculaire analyses naar grotere en complexere tests, zoals whole-genome sequencing (WGS). Zo verwacht Hartwig, gespecialiseerd in clinical-grade WGS, dat in de komende jaren voor steeds meer patiënten WGS de standaard gaat worden. Tot voor kort was het echter niet mogelijk om de resultaten van deze analyses op een gestructureerde manier in te lezen in het Palga-protocol ‘Moleculaire bepalingen’, het landelijke protocol voor de moleculaire diagnostiek.1
Stefan Willems: “Enige tijd geleden bleek uit twee projecten gericht op moleculaire diagnostiek bij kanker - PATH en TANGO - dat er op het gebied van de verwerking en toegankelijkheid van de WGS-data via Palga verbeteringen nodig waren. Hierop besloten Palga, Hartwig en vertegenwoordigers van een aantal academische centra om de handen ineen te slaan en een verbeterslag te maken. Dit betrof met name het aanpassen van het bestaande protocol ‘Moleculaire bepalingen’ in de Palga-protocolmodule, zodat ook analyses van het gehele genoom opgenomen kunnen worden. Daarbij had men de wens om het protocol, voor zover mogelijk, toekomstbestendig te maken en in te richten naar de behoeften van zowel de klinisch moleculair bioloog in de pathologie (KMBP), de patholoog als de behandelaar. Ook werd er rekening mee gehouden dat het protocol aansluit bij de vormgeving en rapportage van internationale datasets en ruimte biedt voor niet-alledaagse rapportages.” Paul Roepman vult aan: “Tegelijkertijd wilden we de verslaglegging van de WGS-analyses harmoniseren, want die varieerde aanzienlijk tussen de verschillende centra.”
XML-bestand
De uitslag van een moleculaire test vanuit Hartwig wordt standaard als een pdf-bestand bij het aanvragende centrum aangeleverd. Het centrum bepaalt vervolgens wat ze uit het pdf-bestand rapporteren in Palga. Door de inzet en financiering van onder andere Palga, Hartwig en ZonMw is het sinds begin dit jaar mogelijk om de rapportage van WGS-resultaten ook via een xml-bestand automatische in te lezen in het Palga-protocol ‘Moleculaire bepalingen’.
Roepman: “De betrokken KMBP kan na inloggen in de beveiligde Hartwig-omgeving zowel het pdf- als het xml-bestand downloaden en vervolgens inlezen in het Palga-protocol. Vervolgens kunnen er binnen het protocol nog eventuele aanpassingen gemaakt worden. Nadat de gegevens bij Palga zijn aangeleverd, zijn deze inzichtelijk voor alle pathologieafdelingen en komt er een samenvatting in het EPD terecht.”
Willems: “Dit is een mooi voorbeeld van een samenwerking die individuele belangen overstijgt en de patiëntenzorg op een hoger niveau brengt. Met deze nieuwe optie komen de WGS-data van Hartwig beschikbaar in de bestaande infrastructuur van Palga. Daarnaast neemt de geautomatiseerde procedure werk uit handen en wordt het maken van fouten tijdens het invoeren van de data grotendeels vermeden.”
Naast het belang voor de diagnostiek zal volgens Willems de nieuwe mogelijkheid ook van grote waarde blijken te zijn voor het klinisch onderzoek. “Zo kunnen bijvoorbeeld onderzoekers die een retrospectieve studie met WGS-data willen doen een aanvraag indienen bij Palga. Nadat hiervoor toestemming is verleend, krijgen de onderzoekers dan een versleuteld databestand toegestuurd. Dit betreft dan echter wel alleen de gerapporteerde WGS-uitslagen die in het OncoAct-rapport zijn opgenomen en bij Palga waren aangeleverd, maar nog niet de volledige WGS-analyse.”
Een nadeel van de nieuwe werkwijze is dat nog niet alle centra voor hun reguliere verslaglegging de Palga-protocolmodule gebruiken, waardoor verslaglegging van de WGS-analyse niet naadloos aansluit bij hun huidige werkwijze. Roepman: “Veel van deze laboratoria hebben de afgelopen jaren voor hun eigen situatie mooi maatwerk ontwikkeld om de moleculaire uitslagen te verslaan, en moeten dat nu aanpassen zonder hier direct voordeel bij te hebben. We zullen dus ons best moeten doen om de betreffende laboratoria te overtuigen van de meerwaarde van de nieuwe werkwijze. Dit kan betekenen dat laboratoria voor sommige specifieke aspecten een stapje terug moeten doen.”
Willems beaamt dit: “Binnen de moleculaire diagnostiek gebeurt veel, maar wordt op nationaal niveau soms nog onvoldoende samengewerkt. Men probeert nog te weinig van elkaar te leren. Soms vraagt vooruitgang dat je uit je comfortzone stapt om het grotere gemeenschappelijke doel te dienen. Dat is de enige weg om een stap vooruit te zetten. We weten dat gebruik van de Palga-protocolmodules leidt tot betere diagnostiek en een betere algehele overleving dan wanneer dit niet het geval is.”2
Opvolgende stap
Roepman vertelt dat er momenteel gesprekken worden gevoerd over het koppelen van de Palga- aan de Hartwig-database. Op die manier zou ook de enorme bron aan genomische sequenties van Hartwig toegankelijk kunnen worden voor een grotere groep geïnteresseerden. Willems: “Naast de standaard te rapporteren genetische afwijkingen bevat een WGS-dataset natuurlijk veel meer genetische informatie die misschien nog niet relevant is voor de patiënt van vandaag, maar wel voor die van morgen. Als de Hartwig- en Palga-databases aan elkaar gekoppeld kunnen worden, komt ook die laatstgenoemde informatie beschikbaar. De vraag is nu hoe we dit kunnen organiseren. Hiervoor zullen de betrokkenen nog nauwer moeten samenwerken, en die wil is er nu.”
Roepman vertelt dat hoewel Hartwig en Palga werken met geanonimiseerde identifiers ook het voldoen aan de Algemene Verordening Gegevensbescherming de nodige aandacht zal vergen.
Willems: “De stip aan de horizon is dat het in de toekomst ook mogelijk is om op een vergelijkbare manier de uitgebreide complexe moleculaire data van de routinediagnostiek via Palga beschikbaar te stellen. Dan heb je het waarschijnlijk over tienduizenden analyses per jaar. Dat geeft echt unieke mogelijkheden. Maar laten we stap voor stap zetten. Deze samenwerking tussen Hartwig en Palga is een belangrijke.”
Referenties
1. Landelijk Palga-protocol ‘Moleculaire bepalingen’. Te raadplegen via https://www.Palga.nl/en/assets/uploads/Protocollen/Moleculairebepalingen.pdf
2. Snoek JA, et al. Breast 2022;66:178-82.
Dr. Robbert van der Voort, medical writer
DEEL DIT ARTIKEL:
In kort bestek: